利用STRING來預測蛋白與蛋白之間的交互作用

STRING是一個線上網路工具http://string-db.org/，可以用來分析或預測protein-protein interaction。
此網站所分析的結果是根據文獻而整理出來的，利用點與線的關係來呈現目標蛋白與其他蛋白之間的關係。

進入網站後可在首頁上輸入欲分析的蛋白，這裡以Leucine-responsive regulatory protein(Lrp)為例。

搜尋之後，會發現有許多細菌的Lrp都有被研究過(會以A~Z排列)，包含文獻最大宗的E.coli、

Salmonella。

點選Vibrio vulnificus YJ016，按下網頁最下面的Continue進行預測。

進入新頁面後，即可看到點與線的圖，中間的點為Lrp，周圍是其他跟Lrp相關的蛋白，線代表有直接的關係。由於Vibrio vulnificus YJ016有關Lrp的文獻不多，只有顯示與10個蛋白有直接的關係。

下面有這10個蛋白的全名及胺基酸長度，也有圖示說明上圖的symbol(包含線的顏色)。

這些與Lrp相關的蛋白包含一些與胺基酸代謝的蛋白、膜上運輸蛋白、有關tRNA synthetase及細胞分裂的蛋白，再次證明Lrp是一個能調控很多基因的蛋白。可點開特定蛋白，會顯示蛋白結構、胺基酸序列及一些簡單的蛋白資訊。

按下網頁下面Textmining鍵也可進一步了解這些結果的文獻出處及摘要，了解實驗的內容。