建立物種親緣關係 by Phylogenetic Tree (Part I)

利用NCBI BLAST線上分析工具 http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 來搜尋與目標基因相似的序列。我們以Vibrio vulnificus的leucine-responsive regulatory protein(Lrp)來當做此次目標基因，來搜尋相似序列並在下次建立親緣關係。

1. 進入BLAST網站， 並點選nucleotide blast。

2. 貼上部分V. vulnificus的leucine-responsive regulatory protein(Lrp) gene序列(61~180)。

3. 在Program Selection選擇 More dissimilar sequences (discontiguous megablast)，可搜尋較多的相似序列，按下BLAST選項，等待系統作業時間。

4. BLAST之後，系統會跑出序列相似的基因及哪一物種所擁有，其中包含我們的V. vulnificus YJ016 strain (序列比對為100%符合)及其他V. vulnificus strains (99%相似)及其他系統顯示的結果會依序遞減基因相似性。

5. 在左邊勾選10個帶有lrp相似基因序列的菌株，並下載各個基因序列(GeneBank)。
以BioEdit開啟10個基因序列 --> 點選Accessory Application--> ClustalW Multiple Alignment --> RunClustal
--> 完成基因alignment -->

6. 存檔下次使用，點選file-->Save as -->phylip-3.69資料夾 > exe資料夾 > 檔名改Infile.phy (Phylip 4 格式)