建立物種親緣關係 by Phylogenetic Tree (Part II)

接續上次進度，這次要利用上禮拜所下載下來的10個胺基酸序列做出親緣關係樹圖

操作流程圖:

1. 打開phylip-3.69中的exe資料夾，將上次存取的檔案取消附檔名(.phy)，並改成infile檔名，方便待會程式辨認而開啟。

2. 打開seqboot程式，若上述檔案格式及檔名正確會呈現下圖所示:

輸入指令: R --> enter --> Numbers of replicates --> 200 --> Y --> enter --> Random number seed --> 1

輸入完指令，會得到outfile檔案，將原本infile檔名改成其他名稱，並再將outfile改成infile檔名，方便下個程式開啟。

3. 打開protdist程式，若上述有將檔名弄對就可以成功開啟程式，如下圖所示

輸入指令: M --> enter --> multiple data sets (type D) --> How many data sets --> 200 --> Y

輸入完指令，等待系統作業，之後會得到另一個outfile，將上個infile檔名改成其他名稱，並再將剛到的outfile改成infile檔名，方便下個程式開啟。

4.打開neighbor程式，若上述檔案名稱都改正確就可以成功開啟此程式，如下圖

輸入指令: M --> enter --> How many data sets --> 200 --> Random number seed --> 1 --> Y

輸入完指令，等待系統作業，之後會得到outfile及outtree兩個檔。

5. 以記事本打開 "outfile" 可察看詳細資料，如下圖。並將之前infile及outfile檔名都改掉且outtree檔名改成intree，後續程序才能讀取此檔案。

6. 開啟consense程式，若成功開啟會呈現下圖所示。輸入Y之後程式會產生 "outfile" 及 "outtree" 兩個檔案，以記事本打開 "outfile" 可察看詳細資料。

7. 開啟另一程式TreeViewX，並開啟剛剛建立的outtree檔，即可得到親緣關係樹圖。