Small Molecular Interaction I- 利用VMD軟體模擬蛋白與水分子間的交互作用

這次上課介紹一個新軟體"VMD"，跟PyMol軟體很像，可探討及分析蛋白質的結構。
第一堂課的作業即是自己找一個已被解結構的蛋白，並用VMD軟體模擬此蛋白如何與水分子進行交互作用。

1. 利用RCSB網站 http://www.rcsb.org去搜尋有興趣且被解結構的蛋白。
我找了一個自己實驗中所分析的蛋白Leucine-responsive regulatory protein (Lrp)，但是我所研究的細菌Vibrio vulnificus的Lrp尚未被分析結構，但在E.coli中Lrp已被研究很多，包含結構的部分。
搜尋結果如下圖，可知道此Lrp的結構代碼為2GQQ。

2. 打開VMD軟體，開啟蛋白的結構圖。
打開軟體後，在File選項中選擇New molecule，並在filename中輸入利用RCSB網站找到的蛋白結構代碼2GQQ，按下Load鍵稍等片刻即會顯示蛋白結構圖，圖中是三D空間可用滑鼠左右上下翻轉蛋白結構，也可用滑鼠滾輪向前zoom in或向後zoom out，下載此結構檔案(File->Save Visualization State-->存檔)。

3. 改變蛋白結構的顯示。
在Graphics選項中，點選representation會跑出一個視窗，在Drawing Method選項挑選Newcartoon (原本為Line)，按下Apply按鍵即可改變蛋白結構的顯示方式。

4. 建立psf檔。
從Extensions選項點選Modelling -> Automatic PSF Builder，直接按下左下角I'm feelinf lucky按鍵，等待片刻會跳出一個視窗，按下確定鍵及建立好psf檔案，結構圖會有稍微不同。 

5. 加入水分子至蛋白結構圖周圍。

在Extensions選項點選Modelling -> Solvation Box，會跳出一個視窗，勾選裡面Rotate to minimize volume，並在Box size X,Y,Z欄都填入15 A(0.1 nm)，按下下方Solvate鍵，即完成water box。