尋找miRNA target sites

這次上課介紹了真核生物才有的抑制基因表現系統-micro RNA(miRNA)。利用miRNA一些特性(例如大小 迴文序列 有stem loop等)可以預測特定基因上可能被miRNA辨識的位置。

1. 此次操作隨機選了人類miRNA編號18中的hsa-mir-18a-5p來當作主角，並透過http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/index.php網站來搜尋人類可被hsa-mir-18a-5p target的基因。

2. 老師再從中隨機指派一個能被hsa-mir-18a-5p target基因-PTEN，反過來我們可再由另一網站https://cm.jefferson.edu/rna22v2.0/來線上預測此基因可能的miRNA target sites。

2-1 進入頁面後，進入網站選擇HOMO SAPIENS，在最下面一欄直接打上欲搜尋的基因名"PTEN"，並按下subunit搜尋。

2-2 搜尋後會進入一頁面，再按下View Predictions as cDNA map。

2-3 之後會挑出一個新頁面，紅色box就是此基因被預測能與不同miRNA結合的序列，點開choose location/miF可在對應的序列位置找到可能會辨認此位置的miRNA(可有多種，但有些未經證實)。

2-4 尋找hsa-mir-18a-5p在PTEN基因辨認序列。回到2-2圖示頁面，並按下View Predictions as Table搜尋，即可以table的方式得到所有能target PTEN基因的miRNA，可直接利用Ctrl + F搜尋hsa-mir-18a-5p，可發現此miRNA所辨認的序列位置在8037bp。

2-5 回到2-3圖示頁面直接尋找8037bp位置，按下相對應choose location鍵，即可發現hsa-mir-18a-5p此miRNA確實能辨認PTEN基因序列，完成此次作業。