利用STRING來預測蛋白與蛋白之間的交互作用

STRING是一個線上網路工具http://string-db.org/，可以用來分析或預測protein-protein interaction。
此網站所分析的結果是根據文獻而整理出來的，利用點與線的關係來呈現目標蛋白與其他蛋白之間的關係。

進入網站後可在首頁上輸入欲分析的蛋白，這裡以Leucine-responsive regulatory protein(Lrp)為例。

搜尋之後，會發現有許多細菌的Lrp都有被研究過(會以A~Z排列)，包含文獻最大宗的E.coli、

Salmonella。

點選Vibrio vulnificus YJ016，按下網頁最下面的Continue進行預測。

進入新頁面後，即可看到點與線的圖，中間的點為Lrp，周圍是其他跟Lrp相關的蛋白，線代表有直接的關係。由於Vibrio vulnificus YJ016有關Lrp的文獻不多，只有顯示與10個蛋白有直接的關係。

下面有這10個蛋白的全名及胺基酸長度，也有圖示說明上圖的symbol(包含線的顏色)。

這些與Lrp相關的蛋白包含一些與胺基酸代謝的蛋白、膜上運輸蛋白、有關tRNA synthetase及細胞分裂的蛋白，再次證明Lrp是一個能調控很多基因的蛋白。可點開特定蛋白，會顯示蛋白結構、胺基酸序列及一些簡單的蛋白資訊。

按下網頁下面Textmining鍵也可進一步了解這些結果的文獻出處及摘要，了解實驗的內容。

建立物種親緣關係 by Phylogenetic Tree (Part II)

接續上次進度，這次要利用上禮拜所下載下來的10個胺基酸序列做出親緣關係樹圖

操作流程圖:

1. 打開phylip-3.69中的exe資料夾，將上次存取的檔案取消附檔名(.phy)，並改成infile檔名，方便待會程式辨認而開啟。

2. 打開seqboot程式，若上述檔案格式及檔名正確會呈現下圖所示:

輸入指令: R --> enter --> Numbers of replicates --> 200 --> Y --> enter --> Random number seed --> 1

輸入完指令，會得到outfile檔案，將原本infile檔名改成其他名稱，並再將outfile改成infile檔名，方便下個程式開啟。

3. 打開protdist程式，若上述有將檔名弄對就可以成功開啟程式，如下圖所示

輸入指令: M --> enter --> multiple data sets (type D) --> How many data sets --> 200 --> Y

輸入完指令，等待系統作業，之後會得到另一個outfile，將上個infile檔名改成其他名稱，並再將剛到的outfile改成infile檔名，方便下個程式開啟。

4.打開neighbor程式，若上述檔案名稱都改正確就可以成功開啟此程式，如下圖

輸入指令: M --> enter --> How many data sets --> 200 --> Random number seed --> 1 --> Y

輸入完指令，等待系統作業，之後會得到outfile及outtree兩個檔。

5. 以記事本打開 "outfile" 可察看詳細資料，如下圖。並將之前infile及outfile檔名都改掉且outtree檔名改成intree，後續程序才能讀取此檔案。

6. 開啟consense程式，若成功開啟會呈現下圖所示。輸入Y之後程式會產生 "outfile" 及 "outtree" 兩個檔案，以記事本打開 "outfile" 可察看詳細資料。

7. 開啟另一程式TreeViewX，並開啟剛剛建立的outtree檔，即可得到親緣關係樹圖。

建立物種親緣關係 by Phylogenetic Tree (Part I)

利用NCBI BLAST線上分析工具 http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi 來搜尋與目標基因相似的序列。我們以Vibrio vulnificus的leucine-responsive regulatory protein(Lrp)來當做此次目標基因，來搜尋相似序列並在下次建立親緣關係。

1. 進入BLAST網站， 並點選nucleotide blast。

2. 貼上部分V. vulnificus的leucine-responsive regulatory protein(Lrp) gene序列(61~180)。

3. 在Program Selection選擇 More dissimilar sequences (discontiguous megablast)，可搜尋較多的相似序列，按下BLAST選項，等待系統作業時間。

4. BLAST之後，系統會跑出序列相似的基因及哪一物種所擁有，其中包含我們的V. vulnificus YJ016 strain (序列比對為100%符合)及其他V. vulnificus strains (99%相似)及其他系統顯示的結果會依序遞減基因相似性。

5. 在左邊勾選10個帶有lrp相似基因序列的菌株，並下載各個基因序列(GeneBank)。
以BioEdit開啟10個基因序列 --> 點選Accessory Application--> ClustalW Multiple Alignment --> RunClustal
--> 完成基因alignment -->

6. 存檔下次使用，點選file-->Save as -->phylip-3.69資料夾 > exe資料夾 > 檔名改Infile.phy (Phylip 4 格式)