NCBI GenBank 與CLC sequience viewer 基本操作

NCBI 網址:      http://www.ncbi.nlm.nih.gov/

Coremine網址：  http://www.coremine.com/medical/#search

1.尋找一個gene, 用 Coremine網址來繪製一個與此基因有關的圖譜。

2.在Search 欄中輸入基因ZNF41,會出現如下圖

3.NCBI 的使用。選定目標基因 ZNF41 搜尋

4.選擇 Nucleotide 的格式，下拉點擊 GenBank

5.在 Gene Bank 的模式中，可以看到此段基因的詳細訊息。如：基因長度、參考文獻，PubMed ID

6.點擊右上角的 Send: ，選擇 File，最後按下 create file 下載。

7.使用CLC sequence viewer 打開下載的基因序列。點選左上方的 "File" → "Import" → 開啟剛剛下載的檔案。可以看到下圖所示。

DisGeNET 網路工具的應用

DisGeNET網址如下:

http://www.disgenet.org/web/DisGeNET/v2.1/home

 1. 進入頁面(home)後，會看到有關DisGeNET的簡介
     包含網站設置原因及特點，且任何的資料庫更新也都有做紀錄。

2. 看完簡介後之後，可點選"Search" 搜尋想要了解的基因

    此次我搜尋了一個在seminar paper裡提到的基因cxcr2。

3. 等待一陣子，就會跳出搜尋結果

    顯示的結果可確定是我要找的基因cxcr2, chemokine (C-X-C motif) receptor 2

    可繼續點選底下的連結，進一步了解此基因相關的疾病及其他基因。

4.  搜尋Top10 disease associations for cxcr2

     點數最高的前三名相關疾病為 結腸炎，乳腺炎及敗血症

     與之前所學符合，CXCR2與發炎反應相關。

點選左下Browse details還可以得到詳細的疾病資訊包含疾病的編號，類型，文獻等等。

5. 另外也可以搜尋Table of genes that share diseases with cxcr2

    可發現前十名相關基因大部分都是cytokine與chemokine的基因

    一樣點選左下Browse details會出現這些相關基因的簡介

    譬如參與的機制以及其蛋白的角色，

    可發現很多都是參與訊號傳遞的分子也與免疫機制相關。